Cavitatea bucală găzduiește un ecosistem microbian complex care prezintă specii diferite și particularități de dezvoltare în funcție de structura anatomică (buzele, dinții, limba, mucoasa jugală, palatul, saliva, crevașele gingivale) sau construcțiile artificiale pe care se localizează( punți, proteze dentare). Numeroasele specii bacteriene interacționează fie într-un mod sinergic, adică se ajută reciproc, unele creează mediul propice sau hrana necesară supraviețuirii altora sau antagonist - unele specii sunt în competiție cu altele pentru hrană și supraviețuire . Cavitatea bucală nu este un mediu steril decât în cazul nou-născutului. Imediat după naștere, cavitatea orală a acestuia începe să se populeze cu primele microorganisme, așa numitele specii pionier- reprezentate cel mai frecvent de streptococi, neisserii și lactobacili. Urmează, odată cu apariția dentiției primare, formarea a două nișe diferite: prima este constituită din suprafața dură a smalțului dentar populat mai ales de Streptococcus mutans, sanguinis și Actinomyces, iar cea de-a doua este șanțul gingival unde se găsesc cel mai adesea Prevotella, Porphyromonas și spirochete. În cazul adultului, flora microbiană orală este mult mai bine constituită, cuprinzând un număr mai mare de specii bacteriene( Campylobacter, Fusobacterium și altele). Aceasta se explică prin morfologia dinților definitivi, care au fosete ocluzale mai profunde, spații interdentare mai mari, coletul este mai pronunțat la unirea smalțului cu dentina și șanțurile gingivale mai adânci- toate reprezintă spații retentive unde bacteriile trăiesc și se înmulțesc cu ușurință. La vârstnici se vorbește despre o "a doua copilărie" în ceea ce privește compoziția florei microbiene, întrucât odată cu pierderea dinților și instituirea stării de edentat numeroase specii bacteriene care traiesc doar pe suprafețele dure vor dispărea din mediul oral. Care sunt factorii care influențează dezvoltarea florei microbiene orale?

• mediul oral oferă condiții prielnice supraviețuirii și înmulțirii speciilor bacteriene: umiditate, ph neutru, hrană. Atât timp cât aceste caracteristici ale mediului oral se mențin bacteriile vor continua să existe.
• aderența la celulele epiteliale ale mucoasei, smalțul dentar și dentină formează coagregate intergenerice.
• situsurile protectoare sunt acele lăcașuri care oferă protecție speciilor microbiene slab aderente: fosetele ocluzale, fisurile smalțului, matricea polizaharidică a peliculei dobândite de pe suprafața țesutului dur dentar, șanțurile gingivale.
• eliminarea microorganismelor din mediul oral se face natural prin descuamarea epiteliului bucal, fluxul salivar, mișcările limbii și ale părților moi, prin masticație și deglutiție și artificial prin periaj dentar, folosirea aței dentare, a apei de gură.
• nutrienții necesari supraviețuirii bacteriilor provin din alimente, aceștia fiind mai ales carbohidrații, glucidele care prin metabolizarea de către anumite specii microbiene din placa bacteriană aderentă de structurile dure intraorale conduc la scăderea ph-ului și inițiază procesul de demineralizare al smalțului.
• terapia antimicrobiană locală sau sistemică( antibioticele) afectează echilibrul florei orale favorizând înmulțirea levurilor, ciuperci implicate în infecțiile cutaneo-mucoase.

Microorganismele din fluidul oral sunt diferite de cele care supraviețuiesc pe țesuturile dure alcătuind placa bacteriană. Acestea sunt mai vulnerabile și mai ușor de îndepărtat prin mijloacele igienei orale spre deosebire de cele care constituie placa microbiană aderentă de dinți și care sunt mai rezistente și mult mai dificil de îndepărtat. Este important să știm că prin respectarea măsurilor de igienă orală se urmărește îndepărtarea plăcii bacteriene de pe structurile dure dar niciodată mediul oral nu va fi unul steril. Menținerea echilibrului ecosistemului microbian oral este importantă pentru că bacteriile comensale au rol protector, ajută răspunsul imun și împiedică dezvoltarea altor specii patogene, care produc îmbolnăvirea organismului.