Dacă în articolele precedente am abordat teoriile asupra mecanismelor externe, în articolul de faţă vom trata mecanismele interne în geneza cariilor dentare. Cei ce au lansat teoriile în privinţa acestor mecanisme interne au plecat de la premisa că organul dentar este parte integrantă a întregului organism, fiind implicat în schimburile metabolice. Astfel, orice tulburare a circuitului metabolic presupune o potenţială cauză a cariei dentare.   Una dintre aceste teorii este reprezentată de cea a neurodistrofiei. Odontoblastele sunt corelate cu întreg sistemul nervos trofic, aşa că, la perturbarea centrilor nervoşi trofici se pune amprenta şi asupra funcţiei şi organizării celulelor conjunctive cu rol esenţial în formarea dentinei, dispuse într-unul sau mai multe rânduri la "graniţa" dintre pulpa dentară şi dentină. Activitatea perturbată a odontoblastelor este reliefată în scăderea cantităţii de Calciu şi Fosfor şi a componentei organice, cu dispariţia anumitor aminoacizi şi aranjarea celor rămaşi în lanţuri polipeptidice alterate. Caria propriu-zisă este semnalată cu câteva luni înainte, ţesuturile fiind foarte sensibile la acru sau dulce. Demineralizarea structurilor dentare favorizează apariţia cavităţilor şi oferă un mediu prielnic pentru desfăşurarea şi intensificarea activităţii microorganismelor externe,  ce vor participa la dezvoltarea procesului carios. Deci, conform acestei teorii, leziunea carioasă ar fi o necroză la nivel neurotrofic. Un alt mecanism intern în geneza cariilor dentare ne este oferit de ipoteza biochimică şi anume, a carenţei de vitamina B1. În cadrul ciclului Krebs, principiile alimentare sunt degradate oxidativ, cu ajutorul vitaminei B1 (sub formă de tiaminpirofosfat - TPP), ce transformă în acid succinic acidul α-cetoglutaric, prin procesul de decarboxilare. Astfel, la un aport ridicat de glucide şi lipsa la nivelul ţesuturilor a vitaminei B1 conduce la o creştere tisulară a acizilor organici, implicit în organul dentar. Prezenţa crescută a acestor acizi organici favorizează declanşarea şi amplificarea cariilor dentare. Teoria a fost infirmată printr-un studiu ce a constat în administrarea unui regim sărac în vitamina B1 unui grup de voluntari. În compararea cu lotul martor (care a avut o dietă normală), s-a remarcat că acest factor nu a influenţat deloc apariţia cariilor dentare, frecvenţa şi distrubuirea acestora pe arcadă fiind egal repartizată. Cea de-a treia teorie în privinţa mecanismelor interne în geneza cariilor, de asemenea mult discutată şi controversată, este cea a activării enzimei fosfataza alcalină. Structurile dure dentare sunt alcătuite, în principal, din Calciu şi Fosfor, elemente aranjate în cristale hexagonale de hidroxiapatită. Integritatea acestei sistematizări este dependentă şi de echilibrul Fluor/ Magneziu din anumite zone dentinare. Leziuni sau supraexcitaţii ale Sistemului Nervos Central pot conduce, conform acestei teorii, la modificări chimice ale limfei pulpare : cantitatea de ioni de Magneziu creşte, fapt ce duce la activarea fosfatazei alcaline de origine pulpară, determinând desfacerea moleculelor de fosfaţi de Calciu şi apariţia cariei. Alte ipoteze ce susţin originea endogenă a cariei dentare sunt : cea a discolagenozei (leziunea carioasă ar fi iniţiată de procesul de depolimerizare a fibrelor de colagen) sau cea a distrofiei simpatice - sindrom de cauză necunoscută şi evoluţie variabilă, caracterizat de durere şi disfuncţie a extremităţilor (potrivit acestei teorii, se instalează la nivelul ţesutului dentar un teren patologic propice pentru activitatea agenţilor agresori locali - microorganisme, ce ar provoca procesul carios, explicând patogenia acestuia). Totuşi, aceste teorii au fost contrazise de o serie de constatări clinice şi experimentale precum  : caria prezentă şi la dinţii devitali; aparţia cariilor de contact; frecvenţa mărită a cariilor dentare la persoanele cu igienă orală deficitară; formarea dentinei secundare sub cavităţile carioase; stoparea evoluţiei cariei dentare prin tratamentul stomatologic - dacă procesul carios ar fi de origine endogenă, acesta ar avansa indiferent de corectitudinea tratamentului, până ce cauza internă ar fi anulată; eficacitatea măsurilor de prevenţie dentară, evidenţiată prin reducerea patologiei dentare la cei ce beneficiază de aceasta.